پنیر منبع غنی پروتئین، کلسیم و فسفر می باشد.

پروتئین

در بین دیگر اعضای خانواده ی لبنیات، پنیر دارای بیش ترین میزان پروتئین می باشد. پروتئین موجود در پنیر از کیفیت خوبی برخوردار بوده و تقریبا دارای تمامی اسید آمینه های ضروری مورد نیاز بدن است. کازئین پروتئین اصلی پنیر می باشد، با این حال پروتئین های محلول در آب شیر(مانند لاکتالبومین و لاکتاگلوبولین) نیز بسته به میزان آب پنیری که در داخل آن باقی می ماند، در پنیر وجود دارند. پروتئین موجود در پنیر، آماده ی هضم می باشد، زیرا برخی از پروتئین ها در حین فرآیند رساندن پنیر، به پپتیدها و آمینو اسیدها شکسته می شوند. برخی افراد از واکنش به آمین های موجود در پنیر به ویژه هیستامین و تریامین رنج می برند. برخی پنیرهای رسیده مقدار قابل توجهی از این آمین ها را در بردارند که می تواند سبب بروز واکنش های آلرژیک، سردردها، خارش و افزایش فشار خون در این افراد شود.

کربوهیدرات

پنیر، به خصوص پنیر تازه، حاوی مقدار قابل توجهی لاکتوز می باشد که کربوهیدرات اصلی شیر می باشد. اغلب پنیرهای رسیده حاوی حداقل(3-1 درصد) لاکتوز بوده و یا به علت خارج شدن آب پنیر و تبدیل لاکتوز باقیمانده به اسید لاکتیک و دیگر اسیدها در طول فرآیند رسیدن پنیر، فاقد لاکتوز می باشند. در فرآیند رسیدن پنیر، با گذشت 28 – 21 روز زمان، لاکتوزی در پنیر رسیده باقی نخواهد ماند. در پنیرهای تازه(مانند پنیر روستایی) 20- 15 درصد لاکتوز در مدت زمان چند ساعت به اسید لاکتیک و دیگر اسیدها تبدیل می شود. افراد مبتلا به بیماری "عدم تحمل لاکتوز" که قابلیت هضم لاکتوز را ندارند، نباید پنیر تازه مصرف کنند، لیکن پنیرهایی مانند چدار و پنیرهای رسیده را می توانند مصرف کنند.

چربی

چربی موجود در پنیر، عامل اصلی ایجاد طعم و بافت آن می باشد و به همین دلیل مشتریان به مصرف پنیرهای پرچرب تمایل بیش تری دارند. پنیرها به علت نوع شیر(شیر کامل، شیر کم چرب ، و شیر بدون چربی) و محصول لبنی مورد استفاده در تهیه پنیر(مانند خامه)، از نظر میزان چربی تنوع بسیار زیادی دارند.

30 گرم پنیر چدار حاوی 9 گرم چربی، 6 گرم چربی اشباع  و30 میلی گرم کلسترول می باشد. در حالی که در 120 گرم پنیر چدار بدون چربی، 5/0 گرم چربی، 3/0 گرم چربی اشباع، و 8 میلی گرم کلسترول وجود دارد.

محققان، تکنولوژی ها، فرآیندها و ترکیباتی را به کار برده اند تا کیفیت پنیرهای کم چربی را بهبود دهند. پنیری که به عنوان پنیر کم چرب نامیده می شود، باید حداکثر 3 گرم چربی در 30 گرم داشته باشد. راهنماهای تغذیه ای، رژیمی را توصیه می کنند که دارای میزان چربی کمی باشد(حداکثر 30 درصد کالری را چربی تشکیل دهد) و این رژیم بایستی دارای چربی اشباع کم(کمتر از 10 درصد کالری) و کلسترول کم(کم تر از 300 میلی گرم در روز) باشد. مصرف پنیر پرچرب حاوی چربی اشباع، خطر ابتلا به بیماری های قلبی را افزایش می دهد.

ویتامین ها

میزان ویتامین پنیرها بر حسب شیر مورد استفاده و فرآیند تولید متفاوت می باشد. از آن جایی که اغلب میزان چربی موجود در شیر، در دلمه باقی می ماند، پنیر حاوی ویتامین های محلول در چربی شیری است که پنیر از آن گرفته می شود.

پنیر چدار تولید شده از شیر کامل حاوی 1059 واحد بین المللی ویتامین A در 100 گرم می باشد، در حالی که پنیر روستایی خشک تهیه شده از شیر خشک بدون چربی تنها حاوی 30 واحد ویتامین A در 100 گرم می باشد. از آنجایی که ویتامین های محلول در آب(مانند B1، B2، B3، پانتوتنیک اسید، ویتامین B6 و فولات) در آب پنیر باقی می مانند، میزان آن ها به میزان آب پنیری بستگی دارد که در داخل پنیر باقی می ماند.